✂️ Restriction Map — карта сайтов рестриктаз
Находим сайты разрезания для 30+ рестриктаз (EcoRI, BamHI, HindIII, SmaI...) в ДНК-последовательности. Считаем позиции разрезов, размеры фрагментов, симулируем гель-электрофорез. Поддержка IUPAC-кодов (N, R, Y, S, W, K, M...).
Образцы
Последовательность (5'→3')
Длина: 2017 bp
Ферменты (0/28)🔪 1 режут эту последовательность
0
сайтов разрезания
0 фермент(ов) с активностью • 2017 bp всего
Линейная карта разрезов
По ферментам
| Фермент | Сайтов | Фрагментов | Макс (bp) | Мин (bp) | |
|---|---|---|---|---|---|
| Выберите ферменты чтобы увидеть сайты разрезания | |||||
Алгоритм:
• Sliding window search по последовательности для каждого фермента.
• IUPAC-коды: N=any, R=A/G, Y=C/T, S=G/C, W=A/T, K=G/T, M=A/C, B=C/G/T, D=A/G/T, H=A/C/T, V=A/C/G.
• Палиндрные сайты — только top strand. Не-палиндромные (SfiI, HinfI, DdeI) — оба направления.
• Фрагменты: расстояние между последовательными top-strand разрезами.
• Гель-электрофорез: log-scale, фрагменты мигрируют сверху вниз.
⚠️ Метилирование (Dam, Dcm) НЕ учитывается. Реальные эксперименты требуют проверки метилирования.
• Sliding window search по последовательности для каждого фермента.
• IUPAC-коды: N=any, R=A/G, Y=C/T, S=G/C, W=A/T, K=G/T, M=A/C, B=C/G/T, D=A/G/T, H=A/C/T, V=A/C/G.
• Палиндрные сайты — только top strand. Не-палиндромные (SfiI, HinfI, DdeI) — оба направления.
• Фрагменты: расстояние между последовательными top-strand разрезами.
• Гель-электрофорез: log-scale, фрагменты мигрируют сверху вниз.
⚠️ Метилирование (Dam, Dcm) НЕ учитывается. Реальные эксперименты требуют проверки метилирования.