🧬
Хаб/Vaccine Epitopes

💉 Vaccine Epitope Predictor

Из аминокислотной последовательности белка находим B-клеточные (линейные) и T-клеточные (MHC-I) эпитопы. Готовый кандидат для пептидной вакцины. Алгоритмы: Hopp-Woods, Chou-Fasman, Karplus-Schulz, Emini.

Образцы (demo)

Последовательность (FASTA plain)

Длина: 268 а.о.
268
длина
15
B-эпитопов
20
T-эпитопов
53%
антигенность

🟢 B-клеточные эпитопы (линейные) — топ 15

LGENLDRNL
Позиция 121–129 • длина 9 а.о.
71
score
Hydro
0.9
Flex
1.02
Surface
0.42
β-turn
0.38
EELVSQK
Позиция 210–216 • длина 7 а.о.
67
score
Hydro
0.89
Flex
1.03
Surface
0.39
β-turn
0.39
YNNIDQELNELL
Позиция 232–243 • длина 12 а.о.
65
score
Hydro
0.5
Flex
1.02
Surface
0.4
β-turn
0.47
MKNHKQYDH
Позиция 1–9 • длина 9 а.о.
64
score
Hydro
0.57
Flex
1.02
Surface
0.41
β-turn
0.38
IIDLKNEDVKQLIKDLE
Позиция 133–149 • длина 17 а.о.
64
score
Hydro
0.87
Flex
1.03
Surface
0.4
β-turn
0.31
NLSELQEKIH
Позиция 154–163 • длина 10 а.о.
64
score
Hydro
0.71
Flex
1.03
Surface
0.38
β-turn
0.42
VSQKLSEELSNL
Позиция 213–224 • длина 12 а.о.
64
score
Hydro
0.71
Flex
1.03
Surface
0.39
β-turn
0.34
FEAECQKL
Позиция 169–176 • длина 8 а.о.
62
score
Hydro
0.79
Flex
1.02
Surface
0.37
β-turn
0.42
HNNQLHNN
Позиция 62–69 • длина 8 а.о.
57
score
Hydro
-0.24
Flex
1.01
Surface
0.41
β-turn
0.49
HNNQLHNN
Позиция 93–100 • длина 8 а.о.
57
score
Hydro
-0.24
Flex
1.01
Surface
0.41
β-turn
0.49
LDRNLIDQ
Позиция 125–132 • длина 8 а.о.
57
score
Hydro
0.69
Flex
1.01
Surface
0.4
β-turn
0.3
ECQKLLD
Позиция 172–178 • длина 7 а.о.
56
score
Hydro
0.66
Flex
1.01
Surface
0.37
β-turn
0.38
RQFLGEN
Позиция 118–124 • длина 7 а.о.
55
score
Hydro
0.3
Flex
1.01
Surface
0.37
β-turn
0.45
LYEKLNELYN
Позиция 258–267 • длина 10 а.о.
55
score
Hydro
0.37
Flex
1.02
Surface
0.39
β-turn
0.31
DHLHKHQ
Позиция 8–14 • длина 7 а.о.
54
score
Hydro
0.41
Flex
1
Surface
0.37
β-turn
0.45

🧬 ML B-эпитоп scan (BepiPred-3-style, ESM-2 35M)

Запускает ESM-2 (35M params, Facebook) на каждой позиции белка. Считает "surprise" (−log prob) — высокий surprise = поверхностный/дисордерный участок (хороший эпитоп). Это приближение BepiPred-3.0 (Haste et al. 2023), которая fine-tune'ит ESM-2 на 30k эпитопов. Cost: 1 ESM-2 call на остаток (~200ms each).

⚠️ Обрежьте до ≤ 200 а.о. (cost limit)

🔵 T-клеточные эпитопы (MHC-I, HLA-A*02:01) — топ 20

#9-мерПозицияIC50 (nM)Score🧬 ML
1QLHNRITEL1095100
2NLIDQIIDL1285100
3QLIKDLEHL1435100
4HLLHNLSEL1505100
5KLLDNLNKL1755100
6KLSEELSNL2165100
7NLYEKLNEL2235100
8LLSQLYNDL2425100
9QLYNDLKEL2455100
10HLYEKLNEL2575100
11ELQEKIHVL15725096
12ELSNLYEKL22025096
13ELNELLSQL23825096
14KLNKHLEKI19745092
15KLNELYNNI22745092
16QLHNHIYQL3650091
17KIHKNYEEL20460089
18NIDQELNEL23460089
19IIDLKNEDV13365088
20DLEHLLHNL14775086
Анкоры выделены жёлтым в последовательности (P2 и P9 для HLA-A*02:01). IC50 < 50 nM= высокий аффинитет, < 500 nM = умеренный. 🧬 ML — NetMHCpan-стиль: anchor score + ESM-2 naturalness + similarity к known binders.
Как это работает:
• B-эпитопы (rule-based) — композиция из 4 шкал: гидрофильность (Hopp-Woods 1981), гибкость (Karplus-Schulz 1985), поверхностная доступность (Emini 1985), β-изгибы (Chou-Fasman 1978).
• B-эпитопы (ML Path B) — ESM-2 (35M params, Facebook) на каждой позиции. "Surprise" = −log P(_actual residue | context). Высокий surprise = поверхностный/дисордерный участок (BepiPred-3.0 стиль, Haste et al. 2023).
• T-эпитопы (rule-based) — 9-меры с P2/P9 анкорами для HLA-A*02:01 (BIMAS PSSM approximation).
• T-эпитопы (ML Path B) — NetMHCpan-стиль: anchor score (BIMAS) + ESM-2 naturalness + BLOSUM62 similarity к known HLA-A*02:01 binders (8 reference peptides из литературы).
• ⚠️ Real BepiPred-3.0 и NetMHCpan-4.1 fine-tune'ят модели на 30k+ и 180k+ измерений соответственно. Здесь — pre-trained ESM-2 как proxy. Для публикации требуется валидация (binding assay, T-cell assay in vitro).