🌳 Phylogenetic Tree Builder — UPGMA + Neighbor-Joining
Строит филогенетическое дерево из набора гомологичных последовательностей. Сначала считается попарная distance matrix (Kimura 2-parameter для ДНК, p-distance для белков), затем — UPGMA (ultrametric) или NJ (Saitou-Nei 1987). Вывод — Newick + визуализация dendrogram.
Образцы
Метод
Тип последовательности
Дерево (Neighbor-Joining)
Newick format
Distance matrix (4×4)
| Georgia… | Kenya-1… | Belarus… | Russia-… | |
|---|---|---|---|---|
| Georgia… | 0.000 | 0.000 | 0.019 | 0.019 |
| Kenya-1… | 0.000 | 0.000 | 0.019 | 0.019 |
| Belarus… | 0.019 | 0.019 | 0.000 | 0.000 |
| Russia-… | 0.019 | 0.019 | 0.000 | 0.000 |
Цвет ячейки = расстояние (зелёный = близко, красный = далеко). Диагональ = 0.
Алгоритмы:
• Neighbor-Joining (Saitou-Nei 1987) — не предполагает молекулярных часов. Использует Q-матрицу для выбора ближайшей пары. Стандарт для филогении.
• UPGMA — предполагает ультраметричность (равные скорости эволюции). Хорош для коротко-дивергировавших последовательностей.
• Kimura 2-parameter (Kimura 1980) — для ДНК, раздельно учитывает transitions и transversions.
• p-distance — для белков, доля различающихся сайтов.
⚠️ Для серьёзной филогении используйте IQ-TREE или RAxML (maximum likelihood + bootstrap).
• Neighbor-Joining (Saitou-Nei 1987) — не предполагает молекулярных часов. Использует Q-матрицу для выбора ближайшей пары. Стандарт для филогении.
• UPGMA — предполагает ультраметричность (равные скорости эволюции). Хорош для коротко-дивергировавших последовательностей.
• Kimura 2-parameter (Kimura 1980) — для ДНК, раздельно учитывает transitions и transversions.
• p-distance — для белков, доля различающихся сайтов.
⚠️ Для серьёзной филогении используйте IQ-TREE или RAxML (maximum likelihood + bootstrap).