🦠 Outbreak Surveillance
Комбинированный анализ вспышки: филогения + молекулярные часы + AMR. Загрузите полевые изоляты → получите дерево, оценку TMRCA, статус резистентности.
Изоляты (4)
Georgia-2007
2024-01-15 · Белгород · 53 bp
Kenya-1950
2024-02-15 · Белгород · 53 bp
Belarus-2013
2024-03-15 · Воронеж · 53 bp
Russia-2023
2024-04-15 · Воронеж · 53 bp
Добавить изолят
Сводка анализа вспышки
•Оценка TMRCA: ~500.0 лет. Высокая дивергенция — разные линии патогена.
•✅ Мутации резистентности не обнаружены.
•Филогенетическое дерево: 4 кластеров.
•Ближайшая пара: Georgia-2007 ↔ Kenya-1950 (identity 0%, дивергенция 500 лет).
4
изолятов
500.0y
TMRCA
0
AMR+
6
пар
Филогенетическое дерево (Newick)
((Georgia-2007:0.000,Kenya-1950:0.000):0.010,(Belarus-2013:0.000,Russia-2023:0.000):0.010):0.000;
💡 Вставьте в iTOL (https://itol.embl.de) или FigTree для визуализации
Попарные расстояния и дивергенция
| Пара | Identity | Distance | Дивергенция (лет) |
|---|---|---|---|
| Georgia-2007 ↔ Kenya-1950 | 0.0% | 1.0000 | 500.00 |
| Georgia-2007 ↔ Belarus-2013 | 0.0% | 1.0000 | 500.00 |
| Georgia-2007 ↔ Russia-2023 | 0.0% | 1.0000 | 500.00 |
| Kenya-1950 ↔ Belarus-2013 | 0.0% | 1.0000 | 500.00 |
| Kenya-1950 ↔ Russia-2023 | 0.0% | 1.0000 | 500.00 |
| Belarus-2013 ↔ Russia-2023 | 0.0% | 1.0000 | 500.00 |
Мутации антимикробной резистентности не обнаружены
Изоляты
| Название | Дата | Локация | Длина | AMR |
|---|---|---|---|---|
| Georgia-2007 | 2024-01-15 | Белгород | 53 | ✓ |
| Kenya-1950 | 2024-02-15 | Белгород | 53 | ✓ |
| Belarus-2013 | 2024-03-15 | Воронеж | 53 | ✓ |
| Russia-2023 | 2024-04-15 | Воронеж | 53 | ✓ |