⏱️ Molecular Clock Calculator
Оценка времени расхождения по генетическому расстоянию. Формула: T = d / (2r). 12 опубликованных clock rates для ветеринарии (ASFV, Influenza, Rabies, FMDV, BVDV, Brucella, mtDNA...).
Образцы
Параметры
Время расхождения
600 лет (~20 поколений)
600 лет
95% CI: 404 — 796 лет
Формула
T = d / (2r)
Clock rate
1.00e-5
Источник clock rate:
ASFV p72 — African Swine Fever Virus
Gallardo et al. 2014
Все пары из образца
| Штамм 1 | Штамм 2 | Distance | Years (изолят) | Years (clock) |
|---|---|---|---|---|
| Kenya 1950 | Georgia 2007 | 0.012 | 57 | 600 |
| Spain 1975 | Russia 2023 | 0.015 | 48 | 750 |
| Belarus 2013 | Russia 2023 | 0.003 | 10 | 150 |
| Sardinia 1978 | Belarus 2013 | 0.008 | 35 | 400 |
Алгоритм:
• T = d / (2r), где d = genetic distance (subs/site), r = clock rate (subs/site/year)
• Фактор 2: обе линии накапливают мутации независимо
• Clock rates варьируются на порядки: mtDNA (10⁻⁸) → HIV (10⁻²)
• 95% CI: ±1.96 × SE / (2r)
⚠️ Молекулярные часы приблизительны. Реальная скорость может зависеть от давления отбора, поколения времени,environmental factors.
• T = d / (2r), где d = genetic distance (subs/site), r = clock rate (subs/site/year)
• Фактор 2: обе линии накапливают мутации независимо
• Clock rates варьируются на порядки: mtDNA (10⁻⁸) → HIV (10⁻²)
• 95% CI: ±1.96 × SE / (2r)
⚠️ Молекулярные часы приблизительны. Реальная скорость может зависеть от давления отбора, поколения времени,environmental factors.