🧬
Хаб/CRISPR gRNA Designer

🧬 CRISPR gRNA Designer — SpCas9

Поиск guide RNA (20-mer + NGG PAM) на обеих цепях. On-target score (Doench 2016 упрощённо), off-target проверка против геномов хозяев, GC content, hairpin ΔG.

Образцы генов-мишеней

Последовательность мишени

Длина: 369 bp
20
gRNA кандидатов найдено
Лучшая: score 39, specificity 100
5'-TGCTGCTGCTGAGGTCCATC-3'PAM: TGG
Позиция 62 • цепь + • GC 60% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=0
39
on-target
Специфичность: 100/100
✓ Нет off-target в геномах хозяев
5'-TGCTGCTGCTGAGGTCCATC-3'PAM: TGG
Позиция 173 • цепь + • GC 60% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=0
39
on-target
Специфичность: 100/100
✓ Нет off-target в геномах хозяев
5'-TGCTGCTGCTGAGGTCCATC-3'PAM: TGG
Позиция 281 • цепь + • GC 60% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=0
39
on-target
Специфичность: 100/100
✓ Нет off-target в геномах хозяев
5'-CCTCAAGGTCCACTTCCAGA-3'PAM: TGG
Позиция 299 • цепь - • GC 55% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=-4.5
38
on-target
Специфичность: 96/100(2 off-target)
⚠ 2 совпадений
Крупный рогатый скот (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)
5'-CCTCAAGGTCCACTTCCAGA-3'PAM: TGG
Позиция 191 • цепь - • GC 55% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=-4.5
38
on-target
Специфичность: 96/100(2 off-target)
⚠ 2 совпадений
Крупный рогатый скот (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)
5'-CCTCAAGGTCCACTTCCAGA-3'PAM: TGG
Позиция 80 • цепь - • GC 55% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=-4.5
38
on-target
Специфичность: 96/100(2 off-target)
⚠ 2 совпадений
Крупный рогатый скот (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)
5'-TGCTGAGGTCCATCTGGAAG-3'PAM: TGG
Позиция 68 • цепь + • GC 55% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=-6
38
on-target
Специфичность: 92/100(4 off-target)
⚠ 4 совпадений
Свинья (домашняя) (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)+1 ещё
5'-TGCTGAGGTCCATCTGGAAG-3'PAM: TGG
Позиция 179 • цепь + • GC 55% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=-6
38
on-target
Специфичность: 92/100(4 off-target)
⚠ 4 совпадений
Свинья (домашняя) (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)+1 ещё
5'-TGCTGAGGTCCATCTGGAAG-3'PAM: TGG
Позиция 287 • цепь + • GC 55% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=-6
38
on-target
Специфичность: 92/100(4 off-target)
⚠ 4 совпадений
Свинья (домашняя) (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)+1 ещё
5'-AGGCCAGCAGCAGCAGCACC-3'PAM: TGG
Позиция 243 • цепь - • GC 70% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=0
32
on-target
Специфичность: 96/100(2 off-target)
⚠ 2 совпадений
Крупный рогатый скот (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)
5'-AGGCCAGCAGCAGCAGCACC-3'PAM: TGG
Позиция 24 • цепь - • GC 70% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=0
32
on-target
Специфичность: 96/100(2 off-target)
⚠ 2 совпадений
Крупный рогатый скот (mm=3)Крупный рогатый скот (mm=3)
5'-GGCCAGCAGCAGCAGCACCT-3'PAM: GGG
Позиция 242 • цепь - • GC 70% • ✓ начинается с G • hairpin ΔG=0
29
on-target
Специфичность: 98/100(1 off-target)
⚠ 1 совпадений
Крупный рогатый скот (mm=3)
5'-GGCCAGCAGCAGCAGCACCT-3'PAM: GGG
Позиция 23 • цепь - • GC 70% • ✓ начинается с G • hairpin ΔG=0
29
on-target
Специфичность: 98/100(1 off-target)
⚠ 1 совпадений
Крупный рогатый скот (mm=3)
5'-CTTGAGGCAGCTGATGCTGG-3'PAM: TGG
Позиция 93 • цепь + • GC 60% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=-6
37
on-target
Специфичность: 80/100(10 off-target)
⚠ 10 совпадений
Свинья (домашняя) (mm=3)Свинья (домашняя) (mm=3)Свинья (домашняя) (mm=3)+7 ещё
5'-CTTGAGGCAGCTGATGCTGG-3'PAM: TGG
Позиция 204 • цепь + • GC 60% • ⚠ без G на 5' • hairpin ΔG=-6
37
on-target
Специфичность: 80/100(10 off-target)
⚠ 10 совпадений
Свинья (домашняя) (mm=3)Свинья (домашняя) (mm=3)Свинья (домашняя) (mm=3)+7 ещё
Алгоритм:
• PAM: NGG для SpCas9 (поиск на обеих цепях)
• On-target score: упрощённый Doench 2016 (позиционные веса + GC + poly-T check)
• Off-target: 12-mer seed (PAM-проксимальный) против геномов свинья/КРС/человек
• Hairpin: DP self-complementarity, ΔG ≤ -3 = проблема
⚠️ Перед экспериментом — проверьте через CRISPOR или Cas-OFFinder.