🔤 Codon Optimization Tool
Оптимизация кодонов под экспрессию в организме-хозяине. Таблицы Kazusa для свиньи, КРС, курицы, E. coli. CAI (Codon Adaptation Index), избегание сайтов рестриктаз и шпилек.
Образцы
Целевой организм
Входная ДНК (CDS)
Длина: 307 bp
CAI
1
GC%
62.1%
Rest. sites
0
Hairpins
0
Оптимизированная ДНК
ATGGCCTCCGAGGAGGAGCACCAGCAGCCCACCATTACCTCCGGCAAGGTGATTATTACCGTGGTGGAGGTGGTGAACCAGCACCACCACCAGCAGAGACAGGAGGAGGGCCAGGACCTGCACCAGAGAGGCGGCAGATCCAGACACCAGGGCGGCGGCGACCAGGACAGACAGGACCCCCACCACAGACAGGACCAGCAGCACAGACACAGACAGGACCACCAGAGACAGGACCACAGAGAGAGAAGACAGGACCACCACCACAGACAGGACCACCAGGAGAGACACAGACAGGACCACCACCAG
Алгоритм:
• Таблицы Kazusa для каждого вида (частота кодонов на 1000)
• Для каждой аминокислоты выбирается наиболее частый кодон
• Если создаёт сайт рестриктазы — берётся следующий по частоте
• CAI = геометрическое среднее относительных частот, 1.0 = идеально
• GC 40-60% оптимально для стабильности и экспрессии
⚠️ Проверьте результат in silico (BLAST, Bauccle) перед синтезом.
• Таблицы Kazusa для каждого вида (частота кодонов на 1000)
• Для каждой аминокислоты выбирается наиболее частый кодон
• Если создаёт сайт рестриктазы — берётся следующий по частоте
• CAI = геометрическое среднее относительных частот, 1.0 = идеально
• GC 40-60% оптимально для стабильности и экспрессии
⚠️ Проверьте результат in silico (BLAST, Bauccle) перед синтезом.