🧬
Хаб/Sequence Alignment

🔗 Sequence Alignment — Needleman-Wunsch + Smith-Waterman

Попарное выравнивание последовательностей. Глобальное (NW, для гомологичных seqов) или локальное (SW, для поиска консервативных доменов). Скоринг: BLOSUM62 (белки) или match/mismatch (ДНК).

Образцы

Алгоритм

Тип последовательности

Score
318
Identity
98.1%
Similarity
100%
Gaps
0
Length
53

Выравнивание (глобальное)

    1MKNHKQYDHLHKHQLHNHLQNHIYHMHQQHQLHNNQLHNHIYQLHHQLHNHIY
     |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||
    1MKNHKQYDHLHKHQLHNHLQNHIFHMHQQHQLHNNQLHNHIYQLHHQLHNHIY
| совпадение: похожие (BLOSUM62 > 0). различие_ gap
Алгоритм: Needleman-Wunsch (1970) — глобальное выравнивание через DP. Сложность O(mn). Оптимально для гомологичных последовательностей.
Матрица скоринга: BLOSUM62 (Henikoff 1992). Gap penalty: -8 (линейный).